Внук Сайто Хироки, которого тот обучил всему, что знал сам в части пилотирования. Воспитывался под поверхностью Сидонии, втайне от остальных обитателей, в связи с чем не имеет способности к фотосинтезу и нуждается в обычной пище. Пилотирует мех 17-й версии, созданный во времена предыдущей фазы войны с гауной.
Спойлер
В отличие от членов бессмертного комитета, поддерживающих свою вечную жизнь медикаментами, Нагатэ обладает врождённым бессмертием. Его раны исцеляются значительно быстрее, чем у прочих обитателей «Сидонии».
Клон Сайто Хироки. Первоначально Нагатэ создавался для того, чтобы перенести в него мозг постаревшего Сайто. Однако Хироки решил украсть младенца и просто передать ему все свои знания.
